El Colegio de la Frontera Norte, es un centro público de investigación cuyo propósito es generar conocimiento científico sobre los fenómenos regionales de la frontera México-Estados Unidos, así como formar recursos humanos de alto nivel y vincularse institucionalmente con el fin de contribuir al desarrollo de la región. Desde el año 2000, EL COLEF forma parte de la red de Centros Públicos de Investigación del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT).
La Secretaría de Gobernación es la dependencia del Ejecutivo Federal responsable de atender el desarrollo político del país y de coadyuvar en la conducción de las relaciones del Poder Ejecutivo Federal con los otros poderes de la Unión y de los demás niveles de gobierno para fomentar la convivencia armónica, la paz social, el desarrollo y el bienestar de los mexicanos en un Estado de Derecho. Asimismo, de acuerdo con la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal y la Ley de Migración, la SEGOB es la instancia responsable de formular y dirigir la política migratoria del país.
La misión de la Unidad de Política Migratoria, Registro e Identidad de Personas es diseñar y proponer las estrategias, programas y acciones que conformen una política migratoria integral, coherente y fundamentada del Estado mexicano, que respete y salvaguarde los derechos humanos, facilite la documentación migratoria y contribuya a la preservación de la soberanía y seguridad nacionales, tomando en cuenta a los Poderes de la Unión, los órdenes de gobierno y la sociedad civil, en un marco de responsabilidad compartida con los gobiernos de otros países y de contribución al desarrollo nacional.
El Consejo Nacional de Población, por mandato de la Ley de Población, tiene la misión de regular los fenómenos que afectan a la población en cuanto a su volumen, estructura, dinámica y distribución en el territorio nacional, con el fin de lograr que ésta participe justa y equitativamente de los beneficios del desarrollo económico y social.
El Consejo Nacional para Prevenir la Discriminación, CONAPRED, es la institución rectora para promover políticas y medidas tendientes a contribuir al desarrollo cultural y social y avanzar en la inclusión social y garantizar el derecho a la igualdad, que es el primero de los derechos fundamentales en la Constitución Federal. También se encarga de recibir y resolver las reclamaciones y quejas por presuntos actos discriminatorios cometidos por particulares o por autoridades federales en el ejercicio de sus funciones. Asimismo, el CONAPRED desarrolla acciones para proteger a todos los ciudadanos y las ciudadanas de toda distinción o exclusión basada en el origen étnico o nacional, sexo, edad, discapacidad, condición social o económica, condiciones de salud, embarazo, lengua, religión, opiniones, preferencias sexuales, estado civil o cualquier otra, que impida o anule el reconocimiento o el ejercicio de los derechos y la igualdad real de oportunidades de las personas.
La Secretaría de Relaciones Exteriores, busca armonizar las actividades internacionales del país. En términos de política exterior de la actual administración, tiene como prioridad la implementación de las obligaciones internacionales de México en materia de derechos humanos.
La Secretaría del Trabajo y Previsión Social tiene como objetivos prioritarios lograr la inclusión de jóvenes a través de la capacitación en el trabajo, impulsar el diálogo social, la democracia sindical y la negociación colectiva auténtica conforme al nuevo modelo laboral, recuperar el poder adquisitivo de los salarios mínimos y los ingresos para mejorar la calidad de vida de las y los trabajadores, dignificar el trabajo y estimular la productividad mediante la vigilancia al cumplimiento de la normativa laboral, lograr la inserción en un empleo formal de las personas desempleadas, trabajadores en condiciones críticas de ocupación y personas inactivas con disponibilidad para trabajar, con atención preferencial a quienes enfrentan barreras de acceso a un empleo formal.
La Secretaría de Bienestar tiene como misión contribuir a la construcción de una sociedad en la que todas las personas, sin importar su condición social, económica, étnica, física o de cualquier otra índole, tengan garantizado el cumplimiento de sus derechos sociales y puedan gozar de un nivel de vida digno, a través de la formulación y conducción de una política de desarrollo social que fomente la generación de capacidades, un entorno e ingreso decoroso, así como la participación y protección social, privilegiando la atención a los sectores sociales más desprotegidos.
La Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales tiene entre sus objetivos la cooperación científica y técnica con otras universidades e instituciones gubernamentales, por lo que resulta ser una institución aliada en el levantamiento de datos para la Emif Sur.