El Colef cuenta con instalaciones a largo de la franja fronteriza con Estados Unidos; las principales se ubican en Tijuana y las sedes en Monterrey, Ciudad Juárez, Mexicali, Nogales, Piedras Negras, Nuevo Laredo, Matamoros y, en la ciudad de México, Casa Colef, en donde se realizan actividades de difusión y vinculación para públicos del centro del país.

La Dirección General Regional Noreste ubicada en Monterrey Nuevo León, agrupa a las sedes de Matamoros, Nuevo Laredo y Piedras Negras. Su labor académica aborda primordialmente las áreas de cultura, historia, mercados de trabajo, demografía, urbanismo, sociología del trabajo y desarrollo regional.

La Dirección General Regional Noroeste ubicada en Ciudad Juárez concentra a las sedes de Mexicali y Nogales. Sus investigaciones se ocupan principalmente del desarrollo en zonas semiáridas de la frontera; del uso, manejo y conservación de los recursos naturales, y de estudios culturales, laborales, de género y de familia.