Los objetivos principales del Departamento de Estudios Económicos (DEE) son los siguientes:

1) en el área de investigación, emprender estudios empíricos rigurosos que contribuyan al conocimiento y análisis de la realidad económica de la región fronteriza y sus relaciones con el entorno nacional e internacional;

2) en el área de docencia, formar economistas de alto nivel, con base en un programa de maestría actualizado y con la base de excelencia, y

3) en el área de vinculación con la comunidad, difundir datos y resultados de investigación mediante un boletín de indicadores fronterizos, una encuesta de expectativas económicas regionales y una serie de cuadernos de trabajo.

Las líneas de investigación prioritarias siguen metodologías y técnicas de análisis cuantitativo riguroso y se describen a continuación:
1. La evaluación de políticas económicas
2. Integración económica y fronteriza México-Estados Unidos
3. Cambio técnico (CT) y organización industrial